Молекулярное моделирование = Molecular modeling. Basic principles and applications : теория и практика: учебное пособие читать онлайн и в мобильном приложении ЭБС Университетская Библиотека Онлайн.

Молекулярное моделирование = Molecular modeling. Basic principles and applications : теория и практика: учебное пособие

Дисциплина: Базы данных и основные методы биоинформатики Моделирование Органическая химия (и еще 3)

Жанр: Учебная литература для вузов

Москва: Лаборатория знаний, 2020

Объем: 322 стр.

Перевод с английского: Олиференко А.А., Осолодкина Д.И., Писарева С.А., Чупахина В.И.

Под редакцией: Палюлина В.А., Радченко Е.В.

Дополнительная информация: 5-е изд., электрон.

ISBN: 978-5-00101-724-0

УДК: 547

ББК: 24.511.43я73

Книга Вам недоступна, для получения доступа к этому изданию обратитесь, пожалуйста, в библиотеку Вашей организации.

Библиографическое описание / Аннотация / Содержание

Предисловие к русскому изданию	5
Предисловие редакторов перевода	6
Предисловие к третьему изданию	8
1. Введение	9
1.1. Историческая справка	10
1.2. Современное молекулярное моделирование — лишь отражение мира по Лукрецию или это что-то большее?	12
1.3. Для чего используют модели	13
1.4. Вмолекулярном моделировании используются все четыре типа моделей	13
1.5. Завершающий этап: конструирование	14
1.6. Цель этой книги	16
2. Малые молекулы	17
2.1. Генерация трехмерных координат	17
2.2. Вычислительные методы оптимизации геометрии	25
2.3. Конформационный анализ	41
2.4. Потенциалы молекулярных взаимодействий	59
2.5. Фармакофорный поиск	81
2.6. Методы 3D-QSAR	88
3. Пример моделирования малых молекул: антагонисты дофаминового рецептора подтипаD3	105
3.1. Модель фармакофора антагонистов D3-рецептора	105
3.2. Анализ 3D-QSAR	116
4. Моделирование белков. Введение	123
4.1. Где и как получить информацию о белках	123
4.2. Принципы организации структуры белков. Терминология	127
4.3. Моделирование белков по гомологии	137
4.4. Процедуры оптимизации. Уточнение модели. Молекулярная динамика	160
4.5. Валидация моделей белков	169
4.6. Свойства белков	183
5. Виртуальный скрининг и докинг	191
5.1. Подготовка системы	191
5.2. Алгоритмы докинга	199
5.3. Оценочные функции	206
5.4. Фильтрование результатов виртуального скрининга	210
5.5. Сравнение различных методов докинга и оценки	213
5.6. Примеры успешного применения виртуального скрининга	214
5.7. Перспективы	217
6. Области применения и ограничения молекулярного докинга	229
6.1. Докинг в полярные центры связывания, содержащие молекулы воды	230
6.2. Докинг в центры связывания, содержащие кофактор	236
6.3. Влияние таутомерии на результаты докинга	239
7. Рациональная разработка лекарственных веществ методами хемогеномики	245
7.1. Описание пространства лигандов и мишеней	248
7.2. Методы хемогеномики, основанные на информации о лигандах	254
7.3. Методы хемогеномики, основанные на информации о мишенях	262
7.4. Методы хемогеномики, основанные на информации о мишенях и лигандах	269
7.5. Заключение	272
8. Пример моделирования белков: ядерный рецепторCARи его лиганд-рецепторные комплексы	279
8.1. Биохимическое и фармакологическое описание проблемы	279
8.2. Моделирование рецептора CARчеловека по гомологии	283
8.3. Анализ моделей, полученных в результате моделирования молекулярной динамики	286
8.4. Анализ мутантных вариантов рецептора CAR	294
8.5. Моделирование комплексов рецептораCARс лигандами	298
8.6. Кристаллическая структура рецептора CAR	301
8.7. Виртуальный скрининг новых активаторов CAR	307
8.8. Заключение	309

Рекомендации материалов по теме: нет

Дополнительные материалы к этой книге

Мультимедийные приложения к книге